Muchas plantas derraman compuestos químicos en el suelo a través de sus raíces. Hay inquietudes de que las plantas transgénicas pudieran derramar compuestos diferentes de los de las plantas tradicionales, como una consecuencia no buscada de su ADN modificado. La especulación de que pudiera estar sucediendo esto genera la preocupación de que puedan resultar afectadas las comunidades de microorganismos que viven cerca de las plantas transgénicas. La interacción entre las plantas y los microorganismos del suelo es muy compleja y los microorganismos que viven alrededor de las raíces también dejan escapar compuestos químicos al suelo. Se deben efectuar muchas más investigaciones para poder conocer las relaciones que existen entre los microorganismos y los cultivos tradicionales. Los intentos de descubrir si las plantas transgénicas están modificando el suelo y si esas modificaciones son benéficas o nocivas, se ven obstaculizados por nuestra falta de conocimientos científicos básicos.

Algunos estudios han intentado describir las condiciones de suelos donde se producen cultivos transgénicos. En un estudio canadiense (Dunfield y Germida, 2001), se hicieron pruebas con muestras del suelo tomadas alrededor de cuatro variedades transgénicas de canola y cuatro variedades tradicionales. Había algunas diferencias vinculadas con el hecho de que el cultivo producido fuera transgénico o tradicional. Otras características del suelo eran similares, cualquiera que fuera el tipo de cultivo, y ciertas diferencias no se relacionaban con el tipo de cultivo. Un análisis de los ácidos grasos que se asocian con ciertos tipos de microorganismos del suelo indicó que las raíces de las plantas transgénicas tal vez alberguen concentraciones más elevadas de ciertos microorganismos, pero es esencial realizar otras investigaciones para determinar si esto es cierto.