El trabajo de Quist y Chapela tuvo amplia difusión en los medios y estimuló solicitudes de nuevas restricciones para los cultivos GM. El Instituto de Políticas sobre Alimentos y Desarrollo (Alimentos Primero) emitió una declaración conjunta pidiendo numerosas medidas a los organismos internacionales (http://www.foodfirst.org/progs/global/ge/jointstatement2002.html), y algunos grupos mexicanos y Greenpeace han solicitado que se interrumpan las exportaciones de maíz GM a México (http://www.greenpeaceusa.org/media/press_releases/2002/04242002.htm). Además, el trabajo estimuló un intenso escrutinio científico y críticas detalladas de los métodos e interpretaciones del estudio (Christou, 2002; Kaplinsky et al., 2002; Metz y Futterer, 2002). Los principales elementos de la crítica son los siguientes:

1) La metodología, los resultados y la interpretación de los experimentos con la iPCR son defectuosos.

• (a) Los cebadores de la PCR usados para hibridar con el ADN del CaMV 35S eran similares a las secuencias de ADN encontradas en el maíz tradicional, lo que dio como resultado la amplificación de segmentos de ADN que no estaban asociados con transgenes.
• (b) Ninguna de las secuencias amplificadas de los flancos contiene un evidente componente transgénico, como se podría esperar. La pretendida detección de secuencias adh I fue una conclusión errónea; la secuencia en cuestión parece ser un elemento repetitivo que se sabe que se presenta en el maíz tradicional, y no parte del intrón adh I usado en algunos tipos de maíz transgénico.
• (c) No se incluyeron en esta parte del estudio testigos negativos (ADN de muestras de maíz que se sabe que están exentas de elementos GM).

2) La afirmación de que los transgenes se desplazan por el genoma no tiene precedentes y los autores interpretaron incorrectamente conclusiones de un estudio anterior para apoyar sus resultados. Según el coautor W. Pawlowski, como se menciona en la carta de Metz y Futterer, el estudio citado (Pawlowski y Somers, 1998), afirma que los transgenes se pueden insertar en múltiples localizaciones durante la transformación, no que se desplazan después de su integración inicial en el genoma.

3) No se llevó a cabo una confirmación de los resultados de la PCR con otras técnicas moleculares. Si bien la PCR es una técnica ordinaria para el análisis del ADN, los resultados están expuestos a errores debido a la contaminación o a cambios sutiles en las condiciones experimentales. Por consiguiente, se debería haber efectuado la verificación con otra técnica molecular, como la prueba del secante de Southern.

En una refutación a las cartas publicadas en Nature por Kaplinsky et al. y Metz y Futterer, Quist and Chapela (2002) reconocieron la posible interpretación errónea de algunos de los resultados obtenidos con la iPCR. No obstante, mantuvieron sus conclusiones originales, incluida la afirmación de que el transgen se redistribuye en el genoma. Aportaron nuevos datos para apoyar la presencia del promotor CaMV 35S, basándose en la técnica de hibridación ADN-ADN con detección de ADN por transferencia sobre una zona difusa y usando el ADN de CaMV 35S como sonda. Un árbitro de publicaciones de Nature se rehusó a considerar concluyente esta nueva evidencia, lo cual dio como resultado una nota editorial que acompañó a las tres cartas publicadas. La nota señala que son insuficientes los datos presentados en el trabajo original para justificar su publicación, pero que, como los autores desean mantener sus conclusiones originales, la revista dejará que los lectores juzguen por sí mismos la calidad científica.