Detección del ADN transgénico
Los autores buscaron tres fragmentos específicos de ADN transgénico en sus análisis mediante la PCR:

• el promotor 35S del virus del mosaico de la coliflor (CaMV 35S), que actúa como una llave de activación y desactivación de los transgenes en la mayoría de las variedades GM.
• el gen cryIAb, que codifica una proteína insecticida encontrada en muchas variedades Bt.
• la secuencia de terminación nos, usada para marcar el fin de un transgén.

(Véanse los detalles de la construcción de transgenes en ¿Cómo se hacen las plantas transgénicas?).

La secuencia CaMV 35S fue detectada en cuatro de las seis muestras de razas criollas, si bien con una intensidad débil en comparación con la muestra proveniente del organismo gubernamental de alimentos y las muestras GM conocidas. Los autores también informaron la detección de la secuencia nos en dos de las seis muestras de razas criollas, y de la secuencia cryIAb en una sola muestra. Como se esperaba, no se encontraron estas secuencias en las muestras exentas de elementos GM. La débil intensidad de la amplificación de CaMV 35S en las razas criollas indicó, según los autores, que el ADN transgénico estaba presente en una pequeña proporción de granos. Esto concuerda con análisis similares realizados por el gobierno mexicano, donde se encontró que de 3 a 10% de los granos de la misma zona contenían ADN transgénico (Quist and Chapela, 2001). Para confirmar la identidad de las débiles bandas de ADN de CaMV 35S amplificadas a partir de las razas criollas, se sometió a las bandas a otro ciclo de amplificación con la PCR con el fin de aumentar la cantidad de ADN y luego se las analizó para obtener sus secuencias de nucleótidos. En todos los casos, la secuencia obtenida de las bandas de ADN de las razas criollas coincidió con la secuencia del presunto promotor CaMV 35S.

Pruebas del desplazamiento del transgén en el genoma
Quist y Chapela realizaron la PCR inversa (iPCR) para examinar las regiones que flanquean el ADN del CaMV 35S y, de ese modo, determinar dónde se había integrado en el genoma el ADN transgénico. El procedimiento de iPCR permite amplificar segmentos de ADN adyacentes al ADN de secuencia conocida (http://www.pmci.unimelb.edu.au/core_facilities/manual/mb390.asp; Triglia et al., 1988). La determinación de las secuencias de los productos de la iPCR dio resultados diversos, que los autores afirmaron que indicaban la inserción del ADN transgénico en numerosos sitios del genoma. Los autores señalaron que dos de las secuencias que presuntamente flanqueaban el CaMV 35S tenían similitudes con parte del gen adh I usado en varias líneas de maíz Bt para intensificar la expresión génica, y que otras secuencias eran similares al ADN del maíz no transgénico. Esto llevó a Chapela y Quist a concluir que el constructo transgénico era capaz de insertarse en el genoma y luego desplazarse durante el episodio de transformación original o durante la recombinación genética que se produce cada vez que se genera una semilla. Esta afirmación es importante porque, si el promotor CaMV 35S se desplazara por el genoma, podría activar genes que normalmente no están activos y alterar, y por lo tanto desactivar, genes que son necesarios para el crecimiento y el desarrollo normales.